「日本シミュレーション外科学会」（The Japan Society for Simulation Surgery, JSSiS）は、コンピューター技術を応用して術前に充分な検討を行い、手術結果を向上させることを構想として慶應義塾大学・形成外科学教室の呼びかけで1990年に発足した。第１回日本シミュレーション外科学会は、藤野豊美会長（慶大形成外科学教授）の元に1991年に東京で開催された。

　研究活動を日本国内のみならず国際的にも発展させるべく、先駆者である米国のMarshとVannierの両教授との協議の結果、「国際シミュレーション外科学会」(The International Society for Simulation Surgery, ISSiS)を発足することを決定し、第１回国際シミュレーション外科学会は、1992年に東京で藤野会長の元が開催された。ただし、国際学会の名称については、翌年の1993年に再検討され、形成外科以外の分野の参画を考慮すると、国際シミュレーション外科学会よりは、「国際コンピューター支援外科学会」（The International Society for Computer-Aided Surgery, ISCAS）の名称が,より適切ではないかとの意見が提出された。この意見は国際学会の理事会で承認され、学会名を正式に変更することになった。この国際学会の名所変更に伴い、国内学会の名称も連動して「日本コンピューター支援外科学会」（The Japan Society for Computer-Aided Surgery, JSCAS）に変更され、1993年の理事会で承認された。

　その後、(日本に基点を置き)別の発足経由を有する団体が、同じく国際コンピューター支援外科学会」(The International Society of Computer Aided Surgery）との呼称を主張した。このために(日本シミュレーション外科学会を前身とする)日本コンピューター支援外科学会は、同学会と折衝を行い、両者はThe International Society for Computer Aided Surgery, ISCASとして合併することに合意した。しかし、その後、同学会は放射線学的な色彩を有する巨大な、コンピューター支援放射線学会（Computer-Aided Radiology, CAR, のちのコンピューター支援放射線外科学会）に組み込まれた。これに伴い外科的視点よりも、コンピューターテクニックや診断的な技術に学会の視点が移行する傾向が強くなり、外科手術的な視点から捉えたシミュレーションは、次第に傍流を占めるようになっていった。この混迷から脱却するために,1990年に発足した日本シミュレーション外科学会の当初の理念(コンピューター技術を応用して外科的手術結果を向上させること) に立ち返るべく2004年に再分離を果たし、本来の名称である「日本シミュレーション外科学会（The Japan Society for Simulation Surgery, JSSiS）と再び称することになった。同時に国際的にも、国際シミュレーション外科学会（The International Society for Simulation Surgery, ISSiS）に名称復帰することとなった。